第三讲 唯识学上的几个基本概念
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三十颂颂文、科分，已如第二讲所述。在讲解颂文之前，有几个唯识学上的基本概念，先要认识清楚。不然，就无从讲起。首先要探讨的，就是叫什么叫‘识’，什么叫做唯识。说到识和唯识，又涉及现行、种子、薰习等，都要先有一个概念，兹分别诠释如下：
一、 识即是心
唯识学立论，以为宇宙间一切现象————即所谓法相，唯‘识’所变。欲了解识变，必先了解什么是‘识’。 <大乘法苑义林章> 曰： [识者心也，由心集起彩画为主之根本，故经曰唯心； 分别了达之根本，故论曰唯识。或经义通因果，总言唯心，论说唯在因，但称唯识。识了别义，在因位中识用强故，说识为唯，其义无二。二十论曰： 心意识了，名之差别。]
由上文可知，识即是心。但是，心又是什么呢？ 此心，非我人胸腔中的肉团心，亦非我人脑壳中的大脑，而是一种功能————能力与功用。‘功能’二字，系无著菩萨于 <摄大乘论> 中所建立，而由世亲、护法等充实之，立为现行界的原因。于此可知识即功能，功能即识。依于此说探讨识之意义，可由下列三义以注释之：
一、 识非有质碍性之物，而是一种功能： 识有四个名称，曰心、意、识、了。但此四者，都是指一种无质碍性的功能。唯识学解释谓： 积集义是心，思量义是意，了别义是识 (如张目见时钟，是名曰了，从而分别时刻，是名曰别。) 八识各有此四种功能，各得通称为心、意、识、了，但以功能胜显说，则第八识集诸法种子，生起诸法，名之为心。第七识恒审思量，执著自我，名之为意。前六识了别别境、及粗显之境，名之为识。以上数者，只是一种能变的法性，是离开名称言说的境界。而唯识之教，是 ‘即用显体’，说到其体，名之为‘如如’，说到其用，名之为‘能变’。能则势力生起，运转不居； 变则生灭如幻，非实有性。唯识立论，谓离识之外，无别有法。而所谓识，亦不过一能变的功能而已。
二、 识之功能，非局限于肉身，而交遍于法界： 识与大脑之不同者，不仅大脑有质碍，识无质碍。尤其重要者，识的功能交遍法界，而大脑的作用仅局限于根身 (如感觉神经与运动神经，其作用仅局限于我人的肉身。) 什么叫做交遍法界？ 譬如我们登山临水，所见所闻，至远至广。举凡所见所闻，皆是我人眼识、耳识、意识 (此处指五俱意识) 之所在。试问此所见所闻，是在我人大脑之内，抑在大脑之外？ 大脑不过方寸之地，与所见所闻比较，有如爪上尘与大地土，其不是大脑所能范围者，至为明了。因此，识的功用在大脑之外，又不可以十百千万里计。
是故其量必同虚空而无极，因此称识的功用交遍法界 (此系就种子而言，至于识的现行，则随量之大小而有局限。)
三、 识为种子之现行，而种子起现行，必待缘俱： 识为一种功能，此功能未起现行之前，不称识而称种子； 种子起现行时，不称种子而称识。所以种子是潜在的功能，识是此潜在功能的发生作用 (即现行) 。而识之起现行，必待四缘俱备。四缘者，因缘、等无间缘、所缘缘、增上缘。
上文称：‘识为种子之现行’，种子又是什么呢？种子仍然是功能。如前所述，‘功能’一词初见于无著菩萨的 <摄大乘论> ，世亲、护法诸论师继述之，谓一切功能，潜藏于现象界之后，而为现象作根□，建立本识以统摄之。功能是什么？ 是‘非物质而产生物质之力用’者，事实上即是物理学上之‘能’。‘能’为心物活动的潜力，亦为心物之原料，为产生有为法之果的功用势力。 <中论颂> 曰： [诸法不自生，亦不从他生，不共不无因。 ’<阿毗达磨杂集论> 释此颂曰： [自种有故不从他，待众缘故非自作，无作用故非共生，有功能故非无因。’ 是以诸法之因即是功能，而阿赖耶识所摄持的万法种子，种子生现行，现行熏种子，一切变现，皆是功能之力。所以所谓功能，即是种子异名。
种子一词，法相宗所立，为唯识学上极重要之术语，指在阿赖耶识中，生起一切有漏无漏有为法的功能。 <成唯识论> 卷二曰： [此中何法名为种子，谓本识 (阿赖耶识) 中，亲自生果功能差别。此与本识及所生果，不一不异。体用因果，理应尔故。]
识为一种功能，此功能未发生作用、於潜在状态时，不称识而称种子； 其发生作用————即起现行时，不称种子而称识。所谓现行，即是能生起色心各别不同现象的作用。种种不同色心现象，都自有他的亲因，此亲因即 <识论> 所称的功能。名为种子者，以其有生起诸法的作用，犹如草木种子，能生芽茎也。
原来所谓宇宙诸法————即世间种种精神的、物质的现象，皆是阿赖耶识中种子变现而起。阿赖耶识摄持诸法种子，有生起色心诸法的力用，此力用即称为种子。沉隐的种子 (潜伏的功能) 生起色心诸法时，称为现行。所以种子、阿赖耶识、和它所生起的现行果法，这三者是体用因果的关系，是‘不一不异’。因为本识是体，种子是用，体用之间，体是体，用是用，所以非一； 但体是此用之体，用是此体之用，体不离用，用不离体，所以非异。再者，种子与现行之间，种子是因，现行是果，因是因，果是果，所以非一； 但因是此果之因，果是此因之果，所以非异。这体用因果的道理， ‘理应故尔’。于此，进一步诠释种子如下。
二、 种子
种子即是功能，此功能未发生作用、於潜隐状态时，称为种子，要具备一定的条件，在 <成唯识论> 卷二中，以六种条件来显示种子的体性，这叫做‘种子六义’。六义是刹那灭，果俱有，恒随转，性决定，待众缘，引自果。兹分述如下：
一、 刹那灭： 所谓种子，只是一种‘能力’，即所谓功能。它无质量形色，不能以色声香味触而测知，但在发生作用时 (即生起现行时) ，却有力用。而当其起现行时，才生无间即灭。所谓 ‘无间即灭’，就是它生时即是灭时，中间没有‘住]的阶段。如果有生有住，就成为常法，即不是刹那灭了。刹那灭者，简别对于不生灭、或不转变者，而执为一切诸法能生的因。
二、 果俱有： 以种子为因，生起现行，刹那即灭，但并不是灭后始成果，而是刹那生灭之际，‘正转变位，能取与果。’正转变位，有别于过去或未来的转变位； 与果，是以种子现行为因，所取之果，名曰与果。也就是即因生现果，因果同时，相依俱有。此处所称的果，事实上就是新熏的种子。果俱有，简除前后相生、以及相离的他身而生等。因为异时异处，便不能和合，便不是种子了。
三、 恒随转： 种子起现行，刹那即灭，但不是灭已即断，而是前灭后生，刹那刹那，相似随转。即种子、现行与果同时俱有，才生即灭。但在灭了之后，现行成为新熏种子，再起现行，这叫做 ‘种子自类相生’。换句话说，种子、现行、新熏种子，三者一类相续转起，没有间断转易。古德有偈曰： [种子生现行，现行熏种子，三法 (种子、现行、熏习) 辗转，因果同时。’即指此恒随转而言。恒随转，简除七转识的有间断转易，不能维持生果的功能。 (虽然第七识也恒时相续，但在十地中法空智现前，也是有转变的。)
四、 性决定： 此明种子随它本身能熏的善恶无记之性，生起现行时，也决定其现时的善恶无记之性。亦即是善种生起善的现行，恶种生起恶的现行，此一因果法则不能混乱。这是简别于有部小乘、如善恶因生无记果，或无记因善因生恶果等，明异性不能为亲因。
五、 待众缘： 种子生现行，必待众缘和合。种子的功能虽是任运而转，但法不孤起，有了种子的因缘，尚须待增上等诸缘的和合，方能起现行生果。这是简除外道等自然因恒能生果，或小乘有部的缘体恒有 (倘缘体恒有，亦应恒时生果，如此于理有违。) 同时显示所待的缘不是恒有，故一切种子之果，不是恒时显生。
六、 引自果： 种子不是一因生众果，而是各各引生自果。即是色法种子仍生色法之果，心法种子仍生心法之果，此一法则不能混乱。这是简别于外道的一因可生众果，及小乘有部主张色心互为因果。
种子即是功能，但种子 (即功能) 由何而来呢？照唯识学上说，种子有二类，一者是本有种子，二者是新熏种子，此是指种子的来源或原因而说的。本有种子，谓阿赖耶识中，本来含藏有有漏无漏一切百有为法的种子； 新熏种子，谓阿赖耶识中所藏之种子，非为本来所固有，系由现行之前七识、随所应而色心万差之种种熏习，而成为有生果功能之新种子。于此，有护月、难陀、护法三师不同的主张。兹分述如下：
一、 护月论师主张： 他主张本有说，他以为一切种子，是阿赖耶识的功能作用，本来俱有，并不是由新熏发生； 熏习不过能增长养成本来固有的种子，他引以下经论来证明他的理论： <无尽意经> ： [一切有情，无始时来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。] (界是因义，就是种子差别的异名。) <阿毗达磨经> ： [无始时来界，一切法等依。]
二、 难陀论师主张： 他主张新熏说，他以为一切种子，都是由现行的熏习而发生的。因为能熏与所熏，都是无始以来俱有，所以从无始来就有熏生的种子。他以为、所谓种子者，必藉熏习而发生。再者种子是习气的异名，所谓习气，就是现行所熏习的气分，由之可知种子是由新熏而来。他引以下的经论来证明他的理论： <多界经> ： [诸有情心，染净诸法，所熏习故，无量种子之所积集。] <摄大乘论> ： [内种定有熏习，外种或有或无。]
三、 护法论师的主张： 护法论师采取折衷之说，他以为诸法种子，本有两类，即本有种子和新熏种子。这两类种子，都是无始以来就有的。阿赖耶识中，具有法尔生起一切诸法的差别功能，这就是本有种子，此又名本性住种； 同时在无始以来，由现行的势力，留贮在阿赖耶识中而有生果的作用，这就是新熏种子，此又名习所成种。此本新二种，相待而能生起诸法的现行。
后世唯识学者，都以护法的观点为正义。故种子依其生起来说，就分为本有种子和新熏种子。本有种子，又名本性住种，这是先天的、本能俱有的。新熏种子，又名习所成种，这是后天的、学习而来的。
依种子的性质说，又分为有漏种子和无漏种子。一者有漏种子，这是能产生种种现象的种子，亦即三界六趣受生死的种子。此中又有名言种子、我执种子、有支种子之分。二是无漏种子，这是能生菩提之因的种子，亦即入见道位乃至阿罗汉、佛果位的出世种子。此中又有生空种子、法空种子、二空种子之分。 <成唯识论>二曰：
[诸种子者，谓异熟识所持一切有漏法种，此识性摄，故是所缘。无漏种子虽然依附此识，而非此识性摄，故非所缘。]
这是说，一切有漏种子为为第八阿赖耶识之识体所摄持，且为第八识见分所缘，故称[故是所缘’； 而无漏种子虽然也依附于阿赖耶识，但并非阿赖耶识之识性所摄，故不是此识所缘。无漏种子是能生菩提之因的种子，此有三种，一者生空无漏种子，即我空无漏，此属见道位无漏种子。二者法空无漏，属修道位无漏种子。三者二空 (我空、法空) 无漏种子，此为无学道无漏种子。
无漏种子依于异熟识之自体分，而非异熟识性所摄持。以无漏种子，其性唯善，不是无记性，故不与异熟识之体性相顺，体性既不相顺，故此无漏种子与异熟识体性不可相即。无漏种子依于异熟识之自体分，以非异熟识所摄持，亦不为异熟识之见分所缘。
有漏种子即生起诸种现象，三界六趣受生死的种子。此有三种，一者名言种子，二者我执种子，三者有支种子。种子又名习气，即是现行熏习的气分。 <瑜伽师地论> 五十二月： [云何略说安立种子？ 谓于阿赖耶识中，一切诸法遍计自性妄执习气，是名安立种子。]
在前文之中，屡屡说到‘现行’二字。现行又作何解释，原来阿赖耶识有生一切法之功能，此能生之因，谓之种子，自此种子生起色心诸法，谓之现行。能生的种子是因，所生的现行是果。当种子生起现行之际，现行有强盛的势用，刹那间熏习起现行的种子、成为新种子，这就称为 ‘种子起现行，现行熏种子’。在种子起现行时，种子是因，现行是果。而现行熏种子时，现行是因，受熏的新种子是果。这三者是‘刹那生灭，与果俱有。’此 ‘种生现’的因果之同时，也是‘现生种’的因果。有如烛柱生炎 (种生现) 之时，同时也正是炎烧柱 (现熏种) 之时。
于此，又出现‘熏习’二字。所谓薰习，是我人身、口所表现的善恶行为 (身行、语行)，或意识所生起的善恶思想 (意行)，其‘气分’留于阿赖耶识中，如香之熏衣，即谓之熏习。而我人身口意三者所表现之行为，就叫做现行。换句话说，第八阿赖耶识，能将经验的痕迹保下来，这就是气分或种子。而经验 (身口意三者的行为) 的痕迹，能影响一个人未来的性格及行为，这就是熏习。一个人习于为善，这善行是一种熏习，一个人惯于为恶，这恶行也是一种熏习。熏习不是刻意造成的，而是不知不觉任运进行。如人行雾中，他无意使衣服受湿，也不觉得衣服受湿，而事实上他的衣服己布满了湿气。 <大乘起信论> 曰： [熏习义者，如世间衣服实无于香，若人以香熏习故，则有香气。]
种子生现行，种子是能生，现行是所生。能生的，是第八识中能生果法作用的种子，所生的是七转识，所以第八识为因，七转识是果，这是‘种子生现行的因果’。现行熏种子，现行是能熏，种子是所熏，能熏的是七转识的现行法，所熏的是第八识种子，于此，七转识是因，第八识是果，这是 ‘现行熏种子的因果’。阿赖耶的所藏之义，也于此可见。 <阿毗达磨经> 曰： [诸法于藏识，识于法亦尔，更互为果性，亦常为因性。]
最后，我们再理清一个观念，就是‘唯识’一词。什么叫唯识呢？唯识二字，梵语Vijnapti-matrata、 音译毗若底摩坦喇多。梵语倒置，称为‘识唯’，汉土译为 ‘唯识]。识者心之别名，所谓唯识，即简去心外诸法，择取识心。这是遮简迷情、外界有实我实法的存在，表显内界识心的真性法相。换句话说，唯识宗立论，以我人心识之外的万有现象，皆是由我人心识自体所变现而来，亦即由第八阿赖耶识中之种子所变生，故除心识之外，万有现象皆非实在。因此说 ‘唯识无境’； 或自万有现象自识所变一面来说，称为‘唯识所变’。
在 <百法明门论> 中，有‘五法事理唯识’一词，束百法以五位，即心王法、心所有法、色法、心不相应行法、无为法。此五位法，前四位是事，后一位是理，如下表所示：
┌——心王————————————识之自相┐
├——心所————————————与识相应┤
五法事理唯识——┼——色——————————————识之所变┼——不离识——万法唯识
├——不相应行————————识之分位┤
└——无为————————以上四法实性┘
关于识变，有因能变与果能变之分，因能变者，即种子生起八识之变； 果能变者，各各识体上生起相、见二分，而有万法之生起。此留在后面再讲。
三十颂颂文、科分，已如第二讲所述。在讲解颂文之前，有几个唯识学上的基本概念，先要认识清楚。不然，就无从讲起。首先要探讨的，就是叫什么叫‘识’，什么叫做唯识。说到识和唯识，又涉及现行、种子、薰习等，都要先有一个概念，兹分别诠释如下：
一、 识即是心
唯识学立论，以为宇宙间一切现象————即所谓法相，唯‘识’所变。欲了解识变，必先了解什么是‘识’。 <大乘法苑义林章> 曰： [识者心也，由心集起彩画为主之根本，故经曰唯心； 分别了达之根本，故论曰唯识。或经义通因果，总言唯心，论说唯在因，但称唯识。识了别义，在因位中识用强故，说识为唯，其义无二。二十论曰： 心意识了，名之差别。]
由上文可知，识即是心。但是，心又是什么呢？ 此心，非我人胸腔中的肉团心，亦非我人脑壳中的大脑，而是一种功能————能力与功用。‘功能’二字，系无著菩萨于 <摄大乘论> 中所建立，而由世亲、护法等充实之，立为现行界的原因。于此可知识即功能，功能即识。依于此说探讨识之意义，可由下列三义以注释之：
一、 识非有质碍性之物，而是一种功能： 识有四个名称，曰心、意、识、了。但此四者，都是指一种无质碍性的功能。唯识学解释谓： 积集义是心，思量义是意，了别义是识 (如张目见时钟，是名曰了，从而分别时刻，是名曰别。) 八识各有此四种功能，各得通称为心、意、识、了，但以功能胜显说，则第八识集诸法种子，生起诸法，名之为心。第七识恒审思量，执著自我，名之为意。前六识了别别境、及粗显之境，名之为识。以上数者，只是一种能变的法性，是离开名称言说的境界。而唯识之教，是 ‘即用显体’，说到其体，名之为‘如如’，说到其用，名之为‘能变’。能则势力生起，运转不居； 变则生灭如幻，非实有性。唯识立论，谓离识之外，无别有法。而所谓识，亦不过一能变的功能而已。
二、 识之功能，非局限于肉身，而交遍于法界： 识与大脑之不同者，不仅大脑有质碍，识无质碍。尤其重要者，识的功能交遍法界，而大脑的作用仅局限于根身 (如感觉神经与运动神经，其作用仅局限于我人的肉身。) 什么叫做交遍法界？ 譬如我们登山临水，所见所闻，至远至广。举凡所见所闻，皆是我人眼识、耳识、意识 (此处指五俱意识) 之所在。试问此所见所闻，是在我人大脑之内，抑在大脑之外？ 大脑不过方寸之地，与所见所闻比较，有如爪上尘与大地土，其不是大脑所能范围者，至为明了。因此，识的功用在大脑之外，又不可以十百千万里计。
是故其量必同虚空而无极，因此称识的功用交遍法界 (此系就种子而言，至于识的现行，则随量之大小而有局限。)
三、 识为种子之现行，而种子起现行，必待缘俱： 识为一种功能，此功能未起现行之前，不称识而称种子； 种子起现行时，不称种子而称识。所以种子是潜在的功能，识是此潜在功能的发生作用 (即现行) 。而识之起现行，必待四缘俱备。四缘者，因缘、等无间缘、所缘缘、增上缘。
上文称：‘识为种子之现行’，种子又是什么呢？种子仍然是功能。如前所述，‘功能’一词初见于无著菩萨的 <摄大乘论> ，世亲、护法诸论师继述之，谓一切功能，潜藏于现象界之后，而为现象作根□，建立本识以统摄之。功能是什么？ 是‘非物质而产生物质之力用’者，事实上即是物理学上之‘能’。‘能’为心物活动的潜力，亦为心物之原料，为产生有为法之果的功用势力。 <中论颂> 曰： [诸法不自生，亦不从他生，不共不无因。 ’<阿毗达磨杂集论> 释此颂曰： [自种有故不从他，待众缘故非自作，无作用故非共生，有功能故非无因。’ 是以诸法之因即是功能，而阿赖耶识所摄持的万法种子，种子生现行，现行熏种子，一切变现，皆是功能之力。所以所谓功能，即是种子异名。
种子一词，法相宗所立，为唯识学上极重要之术语，指在阿赖耶识中，生起一切有漏无漏有为法的功能。 <成唯识论> 卷二曰： [此中何法名为种子，谓本识 (阿赖耶识) 中，亲自生果功能差别。此与本识及所生果，不一不异。体用因果，理应尔故。]
识为一种功能，此功能未发生作用、於潜在状态时，不称识而称种子； 其发生作用————即起现行时，不称种子而称识。所谓现行，即是能生起色心各别不同现象的作用。种种不同色心现象，都自有他的亲因，此亲因即 <识论> 所称的功能。名为种子者，以其有生起诸法的作用，犹如草木种子，能生芽茎也。
原来所谓宇宙诸法————即世间种种精神的、物质的现象，皆是阿赖耶识中种子变现而起。阿赖耶识摄持诸法种子，有生起色心诸法的力用，此力用即称为种子。沉隐的种子 (潜伏的功能) 生起色心诸法时，称为现行。所以种子、阿赖耶识、和它所生起的现行果法，这三者是体用因果的关系，是‘不一不异’。因为本识是体，种子是用，体用之间，体是体，用是用，所以非一； 但体是此用之体，用是此体之用，体不离用，用不离体，所以非异。再者，种子与现行之间，种子是因，现行是果，因是因，果是果，所以非一； 但因是此果之因，果是此因之果，所以非异。这体用因果的道理， ‘理应故尔’。于此，进一步诠释种子如下。
二、 种子
种子即是功能，此功能未发生作用、於潜隐状态时，称为种子，要具备一定的条件，在 <成唯识论> 卷二中，以六种条件来显示种子的体性，这叫做‘种子六义’。六义是刹那灭，果俱有，恒随转，性决定，待众缘，引自果。兹分述如下：
一、 刹那灭： 所谓种子，只是一种‘能力’，即所谓功能。它无质量形色，不能以色声香味触而测知，但在发生作用时 (即生起现行时) ，却有力用。而当其起现行时，才生无间即灭。所谓 ‘无间即灭’，就是它生时即是灭时，中间没有‘住]的阶段。如果有生有住，就成为常法，即不是刹那灭了。刹那灭者，简别对于不生灭、或不转变者，而执为一切诸法能生的因。
二、 果俱有： 以种子为因，生起现行，刹那即灭，但并不是灭后始成果，而是刹那生灭之际，‘正转变位，能取与果。’正转变位，有别于过去或未来的转变位； 与果，是以种子现行为因，所取之果，名曰与果。也就是即因生现果，因果同时，相依俱有。此处所称的果，事实上就是新熏的种子。果俱有，简除前后相生、以及相离的他身而生等。因为异时异处，便不能和合，便不是种子了。
三、 恒随转： 种子起现行，刹那即灭，但不是灭已即断，而是前灭后生，刹那刹那，相似随转。即种子、现行与果同时俱有，才生即灭。但在灭了之后，现行成为新熏种子，再起现行，这叫做 ‘种子自类相生’。换句话说，种子、现行、新熏种子，三者一类相续转起，没有间断转易。古德有偈曰： [种子生现行，现行熏种子，三法 (种子、现行、熏习) 辗转，因果同时。’即指此恒随转而言。恒随转，简除七转识的有间断转易，不能维持生果的功能。 (虽然第七识也恒时相续，但在十地中法空智现前，也是有转变的。)
四、 性决定： 此明种子随它本身能熏的善恶无记之性，生起现行时，也决定其现时的善恶无记之性。亦即是善种生起善的现行，恶种生起恶的现行，此一因果法则不能混乱。这是简别于有部小乘、如善恶因生无记果，或无记因善因生恶果等，明异性不能为亲因。
五、 待众缘： 种子生现行，必待众缘和合。种子的功能虽是任运而转，但法不孤起，有了种子的因缘，尚须待增上等诸缘的和合，方能起现行生果。这是简除外道等自然因恒能生果，或小乘有部的缘体恒有 (倘缘体恒有，亦应恒时生果，如此于理有违。) 同时显示所待的缘不是恒有，故一切种子之果，不是恒时显生。
六、 引自果： 种子不是一因生众果，而是各各引生自果。即是色法种子仍生色法之果，心法种子仍生心法之果，此一法则不能混乱。这是简别于外道的一因可生众果，及小乘有部主张色心互为因果。
种子即是功能，但种子 (即功能) 由何而来呢？照唯识学上说，种子有二类，一者是本有种子，二者是新熏种子，此是指种子的来源或原因而说的。本有种子，谓阿赖耶识中，本来含藏有有漏无漏一切百有为法的种子； 新熏种子，谓阿赖耶识中所藏之种子，非为本来所固有，系由现行之前七识、随所应而色心万差之种种熏习，而成为有生果功能之新种子。于此，有护月、难陀、护法三师不同的主张。兹分述如下：
一、 护月论师主张： 他主张本有说，他以为一切种子，是阿赖耶识的功能作用，本来俱有，并不是由新熏发生； 熏习不过能增长养成本来固有的种子，他引以下经论来证明他的理论： <无尽意经> ： [一切有情，无始时来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。] (界是因义，就是种子差别的异名。) <阿毗达磨经> ： [无始时来界，一切法等依。]
二、 难陀论师主张： 他主张新熏说，他以为一切种子，都是由现行的熏习而发生的。因为能熏与所熏，都是无始以来俱有，所以从无始来就有熏生的种子。他以为、所谓种子者，必藉熏习而发生。再者种子是习气的异名，所谓习气，就是现行所熏习的气分，由之可知种子是由新熏而来。他引以下的经论来证明他的理论： <多界经> ： [诸有情心，染净诸法，所熏习故，无量种子之所积集。] <摄大乘论> ： [内种定有熏习，外种或有或无。]
三、 护法论师的主张： 护法论师采取折衷之说，他以为诸法种子，本有两类，即本有种子和新熏种子。这两类种子，都是无始以来就有的。阿赖耶识中，具有法尔生起一切诸法的差别功能，这就是本有种子，此又名本性住种； 同时在无始以来，由现行的势力，留贮在阿赖耶识中而有生果的作用，这就是新熏种子，此又名习所成种。此本新二种，相待而能生起诸法的现行。
后世唯识学者，都以护法的观点为正义。故种子依其生起来说，就分为本有种子和新熏种子。本有种子，又名本性住种，这是先天的、本能俱有的。新熏种子，又名习所成种，这是后天的、学习而来的。
依种子的性质说，又分为有漏种子和无漏种子。一者有漏种子，这是能产生种种现象的种子，亦即三界六趣受生死的种子。此中又有名言种子、我执种子、有支种子之分。二是无漏种子，这是能生菩提之因的种子，亦即入见道位乃至阿罗汉、佛果位的出世种子。此中又有生空种子、法空种子、二空种子之分。 <成唯识论>二曰：
[诸种子者，谓异熟识所持一切有漏法种，此识性摄，故是所缘。无漏种子虽然依附此识，而非此识性摄，故非所缘。]
这是说，一切有漏种子为为第八阿赖耶识之识体所摄持，且为第八识见分所缘，故称[故是所缘’； 而无漏种子虽然也依附于阿赖耶识，但并非阿赖耶识之识性所摄，故不是此识所缘。无漏种子是能生菩提之因的种子，此有三种，一者生空无漏种子，即我空无漏，此属见道位无漏种子。二者法空无漏，属修道位无漏种子。三者二空 (我空、法空) 无漏种子，此为无学道无漏种子。
无漏种子依于异熟识之自体分，而非异熟识性所摄持。以无漏种子，其性唯善，不是无记性，故不与异熟识之体性相顺，体性既不相顺，故此无漏种子与异熟识体性不可相即。无漏种子依于异熟识之自体分，以非异熟识所摄持，亦不为异熟识之见分所缘。
有漏种子即生起诸种现象，三界六趣受生死的种子。此有三种，一者名言种子，二者我执种子，三者有支种子。种子又名习气，即是现行熏习的气分。 <瑜伽师地论> 五十二月： [云何略说安立种子？ 谓于阿赖耶识中，一切诸法遍计自性妄执习气，是名安立种子。]
在前文之中，屡屡说到‘现行’二字。现行又作何解释，原来阿赖耶识有生一切法之功能，此能生之因，谓之种子，自此种子生起色心诸法，谓之现行。能生的种子是因，所生的现行是果。当种子生起现行之际，现行有强盛的势用，刹那间熏习起现行的种子、成为新种子，这就称为 ‘种子起现行，现行熏种子’。在种子起现行时，种子是因，现行是果。而现行熏种子时，现行是因，受熏的新种子是果。这三者是‘刹那生灭，与果俱有。’此 ‘种生现’的因果之同时，也是‘现生种’的因果。有如烛柱生炎 (种生现) 之时，同时也正是炎烧柱 (现熏种) 之时。
于此，又出现‘熏习’二字。所谓薰习，是我人身、口所表现的善恶行为 (身行、语行)，或意识所生起的善恶思想 (意行)，其‘气分’留于阿赖耶识中，如香之熏衣，即谓之熏习。而我人身口意三者所表现之行为，就叫做现行。换句话说，第八阿赖耶识，能将经验的痕迹保下来，这就是气分或种子。而经验 (身口意三者的行为) 的痕迹，能影响一个人未来的性格及行为，这就是熏习。一个人习于为善，这善行是一种熏习，一个人惯于为恶，这恶行也是一种熏习。熏习不是刻意造成的，而是不知不觉任运进行。如人行雾中，他无意使衣服受湿，也不觉得衣服受湿，而事实上他的衣服己布满了湿气。 <大乘起信论> 曰： [熏习义者，如世间衣服实无于香，若人以香熏习故，则有香气。]
种子生现行，种子是能生，现行是所生。能生的，是第八识中能生果法作用的种子，所生的是七转识，所以第八识为因，七转识是果，这是‘种子生现行的因果’。现行熏种子，现行是能熏，种子是所熏，能熏的是七转识的现行法，所熏的是第八识种子，于此，七转识是因，第八识是果，这是 ‘现行熏种子的因果’。阿赖耶的所藏之义，也于此可见。 <阿毗达磨经> 曰： [诸法于藏识，识于法亦尔，更互为果性，亦常为因性。]
最后，我们再理清一个观念，就是‘唯识’一词。什么叫唯识呢？唯识二字，梵语Vijnapti-matrata、 音译毗若底摩坦喇多。梵语倒置，称为‘识唯’，汉土译为 ‘唯识]。识者心之别名，所谓唯识，即简去心外诸法，择取识心。这是遮简迷情、外界有实我实法的存在，表显内界识心的真性法相。换句话说，唯识宗立论，以我人心识之外的万有现象，皆是由我人心识自体所变现而来，亦即由第八阿赖耶识中之种子所变生，故除心识之外，万有现象皆非实在。因此说 ‘唯识无境’； 或自万有现象自识所变一面来说，称为‘唯识所变’。
在 <百法明门论> 中，有‘五法事理唯识’一词，束百法以五位，即心王法、心所有法、色法、心不相应行法、无为法。此五位法，前四位是事，后一位是理，如下表所示：
┌——心王————————————识之自相┐
├——心所————————————与识相应┤
五法事理唯识——┼——色——————————————识之所变┼——不离识——万法唯识
├——不相应行————————识之分位┤
└——无为————————以上四法实性┘
关于识变，有因能变与果能变之分，因能变者，即种子生起八识之变； 果能变者，各各识体上生起相、见二分，而有万法之生起。此留在后面再讲。